Ένα από τα χαρακτηριστικά του Δήμου είναι οι τεράστιοι πέτρινοι όγκοι, οι οποίοι καλύπτουν το μεγαλύτερο τμήμα του. Η χαμηλή βλάστηση αυτών των βουνών ευνοεί την κτηνοτροφία (ονομαστά τα ναξιακά τυριά), συναντάμε επίσης, συστάδες από δενδρώδη πουρνάρια και βελανιδιές αλλά και εξαίρετης ομορφιάς πεζούλες και αμπελοκαλλιέργειες χαμηλότερα, ενώ το εσωτερικό των περισσοτέρων από αυτά  καλύπτει η γνωστή σμύριδα (μοναδικός τόπος ύπαρξής της σ’ όλη την Ελλάδα) αλλά και άριστης ποιότητας μάρμαρα.

Οι πεδινές και παράκτιες περιοχές του Δήμου περιλαμβάνουν σειρά από ενδιαφέροντα οικοσυστήματα και υγρότοπους, όπως του Καλαντού και της Αγιασσού, οι αμμόλοφοι (αμμοθίνες) με συστάδες κέδρων στο Πυργάκι και τη Ψιλή Άμμο και οι ακτές με βότσαλα στη ΒΑ ακτή.

Στα όρια του Δήμου ανήκει το μεγαλύτερο τμήμα της περιοχής που εντάχθηκε στο δίκτυο Natura 2000, ως τόπος που αξίζει να χαρακτηριστεί ευρωπαϊκού ενδιαφέροντος (περιοχή του κεντρικού ορεινού όγκου και η νότια παραλιακή ζώνη).

Στο Δήμο Δρυμαλίας βρίσκονται σημαντικοί ορεινοί βιότοποι, καταγραμμένοι στη λίστα Corine: ο βιότοπος του Ζα, με βοτανικό και ορνινοθολογικό ενδιαφέρον και ο βιότοπος της Κορώνου, με ορνιθολογικό, κυρίως, ενδιαφέρον.

Η πανίδα και η χλωρίδα στην περιοχή του Δήμου παρουσιάζει μεγάλη ποικιλομορφία. Πολυάριθμα προστατευόμενα είδη πτηνών – όρνια, σταυραετοί, θαλασσοκόρακες κ.ά. διαμένουν μόνιμα ή διαχειμάζουν ή απλά σταθμεύουν εδώ.